글쎄요.
기본적으로 서버OS 때문에, 혹은 Nimda 바이러스 때문에, 또 보안관련 패치 때문에
Javascript 엔진이 제대로 돌아가지 않는 경우는 없을 것입니다.
Javascript에서 새창이나 프롬프트에 대한 개별적인 설정을
서버 단위로 해줄 수 있는 기능도 없는 걸로 알고 있고요.
제가 생각하는 유일한 문제점은 오직 브라우저인데,
Javascript 엔진은 브라우저에 종속되어 있으니
브라우저 이외의 외부환경은 Javascript 엔진에서 생각해 볼 수 없을 것 같습니다.
그렇지만 IE6.0이라 하더라도 Javascript 엔진이 달라진 것 같지는 않습니다.
Javascript 역시 버전이 있는데
IE6.0의 출시와 더불어 Javascript 또한 업데이트된 건 아니거든요.
그렇다면 문제점은 다시 Javascript의 용법으로 귀결됩니다.
간혹 Javascript의 사용에서 브라우저의 값을 읽어서
IE4.0, IE5.0, 그리고 그 외 브라우저에 대한 반응을
따로 설정해 주는 경우도 있습니다.
그럴 때 이미 지정해 놓지 못한 IE6.0에 대해서는
else 반응을 보일 테니 프롬프트나 새창이 뜨지 않을 수 있겠네요.
제가 드릴 수 있는 방법은 Javascript 소스 자체를 한 번 살펴보시라는 것입니다.
제 생각으로는 서버 단위의 Javascript 제한은 없습니다.
혹 IIS에서 기본 스크립트를 VBscript로 해놓은 게 아니라면요. --;
만약 Win2000으로 업데이트 하면서 기본 스크립트를 VBscript로 바꿔놓으신 거라면
IIS의 웹사이트 등록정보에서 다시 Javascript로 바꿔주시면 됩니다.